Ekspertyzy środowiskowe mają na celu opisanie stanu środowiska naturalnego występującego na danym obszarze. Sporządza się je najczęściej wtedy, gdy planowana inwestycja może spowodować zagrożenia środowiskowe lub odbywać się będzie na terenach występowania gatunków chronionych roślin, zwierząt lub grzybów.

Kompleksowa ekspertyza środowiskowa obejmuje swoim zasięgiem wszystkie parametry środowiskowe, od stanu zanieczyszczenia gleb czy wód, przez stan siedlisk przyrodniczych, aż po występujące gatunki organizmów żywych oraz te mogące występować potencjalnie. Wykonanie całościowej ekspertyzy środowiskowej jest najczęściej konieczne w ramach sporządzanego raportu o oddziaływaniu na środowisko, dużych inwestycji jak na przykład farmy wiatrowe, drogi szybkiego ruchu czy kopalnie.

W wielu przypadkach sporządza się jednak uproszczone ekspertyzy, obejmujące swoim zakresem jedynie wybrane grupy organizmów. Ma to miejsce np. na etapie przygotowań do termomodernizacji, bądź remontu budynku, w którym mogą występować zwierzęta chronione. Przeprowadza się wtedy ekspertyzę środowiskową uwzględniającą monitoring ornitologiczny oraz teriologiczny. Ten pierwszy opisuje występujące na danym obszarze ptaki oraz miejsca ich gniazdowania, a drugi skupia się głównie na przebywających w budynku nietoperzach, jak i innych ssakach chronionych np. jeży. Natomiast w przypadku inwestycji zakładającej likwidację zbiornika wodnego, konieczne będzie przygotowanie ekspertyzy herpetologicznej, pokazującej czy prowadzone prace nie wpłyną negatywnie na żyjące w zbiorniku płazy.

Obowiązek wykonania ekspertyzy spoczywa na inwestorze, który zobowiązany jest do zachowania odpowiedniego stanu środowiska naturalnego i odpowiada karnie za ewentualne szkody przyrodnicze. Ekspertyza środowiskowa często sporządzana jest przez kilku ekspertów zajmujących się poszczególnymi grupami organizmów, a w jej skład wchodzi opinia m.in. ornitologa, teriologa czy botanika. Ważne, aby eksperci wykonujący prace terenowe posiadali odpowiednią wiedzę teoretyczną, jak również doświadczenie w pracy z daną grupą organizmów.

Oprócz wyników samej inwentaryzacji przyrodniczej, ekspertyza zwiera możliwe rozwiązania do zastosowania przez inwestora mające na celu minimalizację negatywnego wpływu prowadzonych prac na środowisko. Eksperci opracowują harmonogram prac, który najmniej zaburzy porządek w środowisku, oraz proponują wytyczne działań kompensacyjnych polegających np. na wieszaniu skrzynek lęgowych dla ptaków i nietoperzy, czy budowie zastępczych zbiorników wodnych dla płazów.