Gdy powiesimy skrzynki lęgowe dla ptaków pamiętać musimy też o ich odpowiedniej pielęgnacji. Polega ona przede wszystkim na okresowym sprzątaniu nieczystości, ale także na wykonywaniu koniecznych napraw. Do budki ptaki znoszą różnego rodzaju materiał gniazdowy, bardzo często są to części roślin, pióra, sierść zwierząt czy mech. Taka mieszanka materiałów organicznych w połączeniu z ptasimi odchodami, oraz panującą wewnątrz budki wysoką wilgotnością i temperaturą, stwarza świetne warunki do rozwoju patogenów, czy pasożytów. Najbardziej niebezpieczne są bakterie z ptasich odchodów i zarodniki grzybów chorobotwórczych. W budkach znaleźć można także pchły, wszy i wszoły, pasożytujące na ptakach, a nawet kleszcze – obrzeżki. Taka mieszanka organizmów może łatwo zainfekować ptaki, które będą korzystały ze skrzynki lęgowej w przyszłym sezonie. Dlatego ważne jest, aby po zakończeniu ptasich lęgów wyrzucić z budek stare gniazda i oczyścić je możliwie dokładnie. Takie czyszczenie wykonać można tylko w określonym terminie: od 16 października do końca lutego. Poza tym okresem budki traktowane są jako siedliska ptaków, więc podlegają ścisłej ochronie prawnej i nie wolno wybierać z nich gniazd. Prace porządkowe najlepiej przeprowadzać jesienią. Dzięki temu z czystych budek będą mogły skorzystać ptaki nocujące w nich zimą. W naszym kraju bardzo często ptaki takie jak sikory, wróble czy mazurki wykorzystują skrzynki lęgowe jako nocne schronienie. Dlatego też skrzynek nie powinno się ściągać na zimę gdyż wbrew powszechnej opinii są również wtedy wykorzystywane przez ptaki.
Czyszczenie skrzynki lęgowej powinno polegać przede wszystkim na mechanicznym wygarnięciu wszystkich nieczystości. Dodatkowo można wymyć jej wnętrze wodą z dodatkiem spirytusu. Nie wolno stosować w tym celu żadnych detergentów, gdyż ich pozostałości mogą intensywnie pachnieć i odstraszać ptaki. Skutecznym sposobem odkażenia jest też skropienie wnętrza budki denaturatem i opalenie jej. W literaturze spotkać można opinie, że sterylizacja budek nie jest konieczna, gdyż patogeny nie przeżywają zimowych mrozów. Jest to jednak już nieaktualny pogląd ze względu na coraz cieplejsze zimy, w trakcie których przez wiele dni temperatura nie spada nawet w okolice zera. Po zakończeniu czyszczenia skrzynki należy przyjrzeć się jej pod kątem ewentualnych uszkodzeń. Jeśli takie występują zniszczone deski można wymienić na nowe. Gdy okolicę zamieszkują, dzięcioły które zaczęły rozbijać otwór wlotowy, można go dodatkowo obić metalową blachą. Koniecznie trzeba zabezpieczyć jej krawędzie, aby nie pokaleczyły ptaków. Na sam koniec sprawdza się czy zawieszenie budki ciągle jest solidnie przymocowane. Ma to duże znaczenie zwłaszcza w przypadku budek na drzewach, ponieważ przyrastając na grubość powodują skracanie wbitych w nie gwoździ. Pamiętajmy, żeby dla własnego bezpieczeństwa wszystkie operacje wykonywane były przy budce w gumowych rękawiczkach.